Selanik'ten Manastır Askeri İdadisi'ne gidişi, Mustafa Kemal'in doğup büyüdüğü şehirden ilk ayrılışı oldu. Bu ayrılış onun çevresini de değiştirmişti. Askeri idadiler bir çeşit kışla gibiydiler. Memleketin her yerinden öğrenciler buraya geliyordu. O tarihte Manastır şehri, Makedonya'nın ve Osmanlı Balkanlısının merkezi konumundaydı. İmparatorluğun içinden geçtiği atmosfer, burada çokça ve rahatlıkla hissedilebiliyordu. Çeşitli inanç ve görüşlere sahip eğitimciler olduğu gibi, öğrenciler içinde de görüş zenginliği hakimdi.
1897 Türk-Yunan Harbi, Mustafa Kemal Manastır'dayken patlak verdi. Bu harp, mektep içindeki siyasi havayı iyiden iyiye dalgalandırmıştı. Bu sıralarda Mustafa Kemal, matematiğin ve askeri eğitiminin yanı sıra, edebiyata da ilgi duymaya başladı. İyi söz söyleme ve hitabet gücünü arttırma çalışmalarına başladı. Selanik Askeri Rüştiyesi’nden tanıdığı Salih Bozok, İsmail Hakkı Kavalalı gibi dostlarıyla sürdürdüğü ilişki yanı sıra, o tarihte Mustafa Kemal'i en çok etkileyen insan Ömer Naci'ydi. Ömer Naci o dönemde hemen hemen herkesi etkileyebilen Namık Kemal'in sıkı takipçisi ve güçlü bir savunucusuydu. Namık Kemal'in edebiyatından çok etkilenen ve 1908 ihtilalinde "ihtilalin hatibi" olarak anılacak olan ve ileride Mustafa Kemal'e önemli bir yardımda bulunan Ömer Naci, Mustafa Kemal'e çok şey katmıştı. Fakat Mustafa Kemal ölçüsüz bir heyecan insanı değildi. Başladığı her işi bitirme gayretinde olan, gerçekçi, ne istediğini bilen ve ayakları yere basan bir insandı.
Selanik'ten ayrılırken öfkeli olduğu annesiyle bir süre sonra mektuplaşmaya başladı. Askeri lisede olduğu süre boyunca, üvey babası Ragıp Bey'den samimi bir destek ve yakın bir ilgi gördü. Bir süre sonra da tatillerini, annesinin ve üvey babasının bulunduğu evlerinde geçirmeye başladı. Ragıp Bey'le geçirdiği bu zaman zarfında, onun iyi huylu, sevecen ve saygı duyulası bir insan olduğunu anladı. Bundan sonrasında, Mustafa Kemal ve Ragıp Bey arasında yakınlık kuruldu. Mustafa Kemal 1898 yazında askeri idadiyi bitirdi. Artık kendine güvenen, okumaya meraklı, düşünceye önem veren ve düşünmeyi seven bir Harp okulu adayı idi. Olması gerektiği gibi 13 Mart 1899'da Mustafa Kemal, İstanbul Askeri Harbiyesi’ne girdi.
Burada vatan, hürriyet ve iradenin millette olması gerekliliği düşünceleri ve duyguları şeklini alırken, istibdat yönetimine karşı da muhalif görüşleri gelişiyordu. Harbiyede kaldığı yıllar boyunca sadece derslerinde başarılı olmuyor, güzel söz söyleme ve hitabet alanlarında da kendisini geliştiriyordu.
İstibdat döneminde bütün kitaplar, gazeteler ve dergiler sansürleniyordu. Siyasi, sosyal ve iktisadi konularda söz söylemek mümkün değildi. Bu sınırlamalar ve kısıtlamalar Mustafa Kemal için bir anlam ifade etmiyordu. Hatta yokluklar ve imkansızlıklar onun öğrenme ve düşünme azmini büsbütün kamçılıyordu.