Harbiyeden mezun olduktan sonra, tatil için Selanik'e dönen Teğmen Mustafa Kemal'i annesi kapıda karşıladı. Çok muhabbetli ve neşeli birkaç gün geçirdikten sonra İstanbul'a döndü. Harbiyede üstün başarı gösterenler, kurmay olarak, Harp Akademisi’ne seçilirlerdi. Mustafa Kemal de kurmay olarak Harp Akademisi’ne kabul edilmişti.
"Erkânıharbiye Mektebi”nin birinci sınıfını bitirince Mustafa Kemal usule uygun olarak üsteğmenliğe terfi ettirildi. Harp Akademisi’nin ikinci sınıfındayken, buhranlı bir dönem yaşamaya başladı. İstibdat döneminin kötü yönetimini iyiden iyiye hisseder olmuştu. Osmanlı İmparatorluğu’nun içinde bulunduğu durumu bir türlü kabul edemiyor memleketin hali onu ziyadesiyle üzüyordu. Bir şeyler yapmak istiyordu. Çok sayıda subayı etrafında toplayarak bir gazete çıkarmaya karar verdi. Binlerce harbiyelinin okuduğu satırlar bizzat Mustafa Kemal'in elinden çıkmakta ve bu gizli teşebbüsü bizzat kendi yönetmekteydi. İlk ve küçük meclisini burada topladı. İnandığı ve kendisine inandığını bildiği az sayıda arkadaşıyla, fırsat buldukları her an toplanırlar ve memleket meseleleri üzerine uzun tartışmalar tertip ederlerdi. Amaçsız üç beş subayın bir araya gelmesi gibi görünen bu küçük meclis; hakikatte onların, ölümden korkmadan, yaşamak ve başarmak için and içmiş birer vatan neferine dönüşmelerini sağlayan bir okuldu.
Harp Akademisi’nin son senesinde, boş bir sınıfta gazetenin yazılarını hazırlarken, okul komutanı Rıza Paşa'ya yakalandılar. Mustafa Kemal ve arkadaşlarından rahatsız olan bir hoca onları ihbar etmişti. Bu ihbar üzerine gelen Rıza Paşa, karşısındaki genç subaylara babacan bir tavırla yaklaşmış, yaptıkları hareketin cezalandırılacağını söylemişse de bunu yapmamıştı. Rıza Paşa'nın bu davranışı küçük bir olay gibi görülebilir lakin usule uygun davranıp, onları akademiden uzaklaştırsaydı, belki de tarih başka şekilde yazılacaktı.
Okuldan atılmamışlardı fakat bu durum sicillerine eklenmişti. Harp Akademisi’nden mezun olduktan sonra atama bekleyen Mustafa Kemal, Suriye'ye sürgün edildi. Stajyer olarak görevlendirildiği için hiçbir konuda yetkisi yoktu. Şam'a vardıktan kısa bir süre sonra, soysuz bir görev için burada olduğunu anladı. Yağma ve talan için kullanılacak bir taciz birliğinde görevlendirilmişti. İmparatorluğun kanayan bu uç şehrinde gördükleri yetmezmiş gibi bir de böylesi birlikte görev almaya dayanamıyordu. Suriye'de gördüğü, yaşadığı ve şahit olduğu utanç ve üzüntü veren onca şeyden sonra, kendi hayatının ve beraberinde koca bir memleketin kaderini tayin edecek kararı verdi:
"Günün değil, yarının adamı olmak lazımdır!"
Mustafa Kemal'e göre yalnızca hür fikirli insanlar vatanlarına faydalı olabilirlerdi. Bu nedenle Şam'dan kaçarak Selanik'e gitmeye karar verdi.
Binbir güçlükle gidebildiği Selanik'te iki yıla yakın süre kaçak olarak yaşadı. Başka kimlikler kullanarak ve saklanarak geçirdiği iki yılın sonunda, nihayet işleri yoluna koyabildi ve 1907'de üçüncü orduda görevli bir subay olarak atandı ve Selanik'te ilk görevine başladı. Tam o yıllarda Rumeli ve Balkanlar kaynayan birer kazandı. Yaklaşan büyük savaşın rüzgarı, en önce Anadolu'nun kapısı konumundaki Balkanlar’da hissediliyordu. Tam o tarihlerde, ihtilal gerçekleşmiş ve istibdat yönetimine son veren "İttihat ve Terakki" hükümeti yönetimi ele geçirmişti. Lise yıllarından beri istibdat yönetimiyle muhalefet ve mücadele halinde olan Mustafa Kemal için bu durum sevindirici olsa da, bir süre sonra İttihat ve Terakki de yönetimde baskıyı artıracaktı. Bu nedenle ileride onlarla da muhalefet edecekti.
Selanik'teki vazifesini başarıyla sürdürürken, İstanbul'da başlayan 31 Mart ayaklanmasını bastırmak üzere görevlendirilen üçüncü orduyla beraber 1909 da İstanbul'a geldi. Bu vazifesinden sonra Binbaşı rütbesine terfi ettirildi. Bu rütbeyle ilk görevini Yemen Cephesi'nde yaptı.
Genel durumu iyi görmüyor ve memleketin istikbali için endişe duyuyordu. Derhal ve zaman kaybetmeden tedbir alınması gerektiğini düşünüyordu. Bu çerçevede görüşmeler yapıyor, aslında ilerde kuracağı mücadele ağında kimlere güvenebileceğini saptadığı bir gizli faaliyet yürütüyordu.